Ao final de 1996, o escolhido pela comunidade universitária e nomeado pelo presidente Fernando Henrique Cardoso foi o professor do curso de Medicina da Cidade Universitária, João Jorge Chacha. O reitor tomou posse em Brasília com o então ministro da Educação, Paulo Renato. Durante sua gestão, promoveu a elaboração do Plano Diretor, com o objetivo de investir na pós-graduação e na internacionalização da Universidade.