Um dos marcos dos anos 2000 na Universidade foi a posse do reitor Manoel Catarino Paes Peró. O reitor teve dois mandatos, de 2000 a 2008, com dois vices-reitores Mauro Polizer e Amaury de Souza. Entre os destaques de sua gestão, estão a inauguração dos Câmpus da UFMS de Coxim, Paranaíba, Nova Andradina e Chapadão do Sul; o credenciamento para ofertas de cursos a distância; a criação das Faculdades de Medicina, Medicina Veterinária e Zootecnia e de Odontologia; a criação do Museu de Arqueologia da UFMS; e a adesão ao Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais Brasileiras.